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El 24 de agosto de 1988, fue creado por Decreto Presidencial publicado en el Diario Oficial de la Federación, el Consejo Nacional para la Prevención y Control del Síndrome de Inmunodeficiencia Adquirida (CONASIDA), como un Órgano Desconcentrado de la Administración Pública Federal dependiente de la Secretaría de Salubridad y Asistencia encargado de operar el programa del gobierno federal encaminado a la prevención y control de la pandemia de VIH/SIDA en México e ITS.
De 1988 a 1991 el Consejo contaba con una estructura correspondiente a las atribuciones y funciones que le fueron conferidas con apoyo internacional; en 1992 dicha estructura se modificó para adecuarla a las nuevas necesidades del Órgano, y para finales del año 1996 la necesidad de un cambio se presentó nuevamente.
A raíz del proceso de descentralización de los servicios de salud ordenado por el Jefe del Ejecutivo Federal e instrumentado por el Secretario del ramo Dr. Juan Ramón de la Fuente, se hizo necesario actualizar y adecuar las funciones y atribuciones del CONASIDA para lograr el mejor cumplimiento de las mismas.
En julio de 1999, con el propósito de reforzar el cumplimiento de las actividades institucionales se solicitó una nueva propuesta de modificación estructural, autorizándose al Órgano Desconcentrado a partir de diciembre de 1999, la creación de cuatro plazas (una Dirección de Área, una Subdirección y dos Jefaturas de Departamento), quedando autorizada dicha modificación a partir del 16 de diciembre de 1999.
En el 2001 se hizo un balance de lo realizado por CONASIDA y se estimó necesario fortalecerlo como órgano colegiado, tanto en sus atribuciones como en su integración. Se creó el Centro Nacional para la Prevención y Control del VIH/SIDA (CENSIDA) y la denominación de CONASIDA permaneció para el órgano que antes se conocía como Consejo con reuniones bianuales y diferentes grupos de trabajo, todos con carácter multisectorial.
Derivado de las modificaciones a la estructura de la Secretaría de Salud en su conjunto, CENSIDA se vio afectado por los recortes a la plantilla así como por los retiros voluntarios mismos que se dieron en el mes de mayo y de julio de 2003 para conformar la nueva estructura.
En el año 2005 se modificó la estructura orgánica de CENSIDA, siendo autorizada dicha Propuesta mediante oficio enviado por la Subsecretaría de Administración y Finanzas de fecha 29 de julio del 2005, la cual presentó cambios de nomenclatura en las siguientes áreas: la Subdirección Técnica de Normatividad (NA2) se nombra Subdirección de Normatividad y Apoyo Técnico (NA1); la Subdirección de Coordinación Interinstitucional (NA2) se nombra Subdirección de Coordinación Estatal (NA2); el Departamento de Programas Multilaterales (OA1) se nombra Departamento de Atención para la Orientación Comunitaria (OA1); la Subdirección de Prevención y Promoción (NA1) se nombra Subdirección de Programas Multilaterales (NA2), y por último, el Departamento de Orientación Comunitaria (OA1) se nombra Departamento de Prevención (OA1).
Con oficio No. SSFP/408/1228 de fecha 15 de noviembre de 2006, de la Unidad de Recursos Humanos y Profesionalización de la Administración Pública Federal, Dirección General de Planeación, Organización y Compensaciones de la Administración Pública Federal de la Secretaria de la Función Pública, aprueba y registra el refrendo de la estructura orgánica del CENSIDA con vigencia solicitada al 1 de enero de 2006, dado a que no presenta movimientos organizacionales y no tiene ningún impacto presupuestal.
Con oficio No. 0838 de fecha 29 de mayo de 2007, la Subsecretaría de Administración y Finanzas de esta Secretaría, registra el Manual de Organización Específico, con estructura de vigencia mayo de 2005.
Con oficio No. 1305 de fecha 31 de julio de 2007, la Subsecretaría de Administración y Finanzas de esta Secretaría, registra el refrendo 2006 del Manual de Organización Específico, con estructura de vigencia mayo de 2005.
Con oficio No. SSFP/408/0936 de fecha 20 de septiembre de 2007, de la Unidad de Recursos Humanos y Profesionalización de la Administración Pública Federal, Dirección General de Planeación, Organización y Compensaciones de la Administración Pública Federal de la Secretaria de la Función Pública, aprueba y registra el refrendo de la estructura orgánica del CENSIDA con vigencia solicitada al 1 de enero de 2007, dado a que no presenta movimientos organizacionales y no tiene ningún impacto presupuestal.
Con oficio No. SSFP/408/0300 de fecha 18 de julio de 2008, de la Unidad de Recursos Humanos y Profesionalización de la Administración Pública Federal. Dirección General de Planeación, Organización y Compensaciones de la Administración Pública Federal de la Secretaria de la Función Pública, aprueba y registra el refrendo de estructura orgánica del CENSIDA con vigencia solicitada al 1 de enero de 2008, dado a que no presenta movimientos organizacionales y no tiene ningún impacto presupuestal.
Con oficio No. SSFP/408/278 de fecha 7 de agosto de 2009, de la Unidad de Recursos Humanos y Profesionalización de la Administración Pública Federal, Dirección General de Planeación, Organización y Compensaciones de la Administración Pública Federal de la Secretaria de la Función Pública, aprueba y registra el movimiento del carácter ocupacional de la Dirección General, ya que estaba catalogado como de Libre Designación se cambia a Carrera, el refrendo de la estructura orgánica del CENSIDA es con vigencia a 12 de junio de 2009, dado a que el movimiento citado no presenta movimientos organizacionales y no tiene ningún impacto presupuestal.
Con oficio No. SSFP/408/0360/2010 de fecha 28 de mayo de 2010, de la Unidad de Recursos Humanos y Profesionalización de la Administración Pública Federal, Dirección General de Planeación, Organización y Compensaciones de la Administración Pública Federal de la Secretaria de la Función Pública, aprueba y registra el refrendo de estructura orgánica del CENSIDA con vigencia solicitada al 1 de enero de 2010, dado que no presenta movimientos organizacionales y no tiene ningún impacto presupuestal.
Derivado de la cancelación del 5% de las plazas de mandos medios y superiores en la estructura orgánica de acuerdo a los “Lineamientos para la aplicación de las medidas de Control en el Gasto de Servicios Personales” y del “Programa Nacional de Reducción del Gasto Público” emitidos por la Secretaría de Hacienda y Crédito Público con oficios No. 307-A.-0106 y 307-A.-0917 de fechas 26 de febrero y 12 de marzo del 2010 respectivamente, se cancelan las plazas denominadas: Departamento de Prevención (OA1) adscrito a la Dirección de Prevención y Participación Social (MA1); y el Departamento de Atención para la Orientación Comunitaria (OA1) adscrita a la Dirección de Atención Integral (MB2), cuyas funciones fueron absorbidas por la Subdirección de Programas Multilaterales (NA2) adscrita a la Dirección de Prevención y Participación Social.
Con oficio No. SSFP/408/0552/-SSFP/408/DHO/1472 de fecha 17 de agosto de 2010, la Dirección General de Desarrollo Humano y Organización de la Administración Pública Federal de la Secretaria de la Función Pública, aprueba y registra la modificación de la estructura orgánica del CENSIDA con vigencia solicitada al 1 de abril de 2010.
El 2 de febrero de 2010 se publica en el Diario Oficial de la Federación el Decreto que reforma, adiciona y deroga diversas disposiciones del Reglamento Interior de la Secretaría de Salud, en el cual se modifica la Fracción XV del Artículo 46 que corresponde al CENSIDA.
El 10 de enero de 2011 se publica en el Diario Oficial de la Federación el Decreto que reforma, adiciona y deroga diversas disposiciones del Reglamento Interior de la Secretaría de Salud, en el cual el Artículo 46 correspondiente a este Centro Nacional no tuvo adecuación alguna.
Con oficio No. SSFP/408/0333/2012 de fecha 11 de abril de 2011, de la Unidad de Recursos Humanos de la Administración Pública Federal, Dirección General de Desarrollo Humano y Organización de la Administración Pública Federal de la Secretaria de la Función Pública, aprueba y registra el refrendo de estructura orgánica del CENSIDA con vigencia 1 de enero de 2011.
Con oficio No. SSFP/408/0144/2012 de fecha 27 de febrero de 2012, de la Unidad de Recursos Humanos y Profesionalización de la Administración Pública Federal, Dirección General de Planeación, Organización y Compensaciones de la Administración Pública Federal de la Secretaria de la Función Pública, aprueba y registra el refrendo de la Estructura Orgánica del CENSIDA con vigencia solicitada al 1 de enero de 2012, dado a que no presenta movimientos organizacionales y no tiene ningún impacto presupuestal.
El Manual de Organización Específico se actualiza con base en la estructura orgánica vigente al 1 de enero 2012.
Con oficio No. SSFP/408-0200/DGOR-0246/2013 de fecha 22 de marzo 2013, de la Unidad de Política de Recursos Humanos de la Administración Pública Federal. Dirección General de Organización y Remuneraciones de la Administración Pública Federal, aprueba y registra el refrendo de la Estructura Orgánica del CENSIDA, con vigencia del 1 de enero 2013, con el inventario de 16 plazas de mando por nivel con la presente Estructura Orgánica.
Con oficio No. SSFP/408/0341/DGOR-0478/2014 de fecha 12 de mayo 2014, de la Unidad de Política de Recursos Humanos de la Administración Pública Federal, Dirección General de Organización y Remuneraciones de la Administración Pública Federal, aprueba y registra el refrendo de la Estructura Orgánica de CENSIDA, con vigencia del 25 de abril 2014, con el inventario de 16 plazas de mando por nivel con la presente Estructura Orgánica.
Con oficio No. SSFP/408/0341/DGOR-0478/2015 de fecha 1 de enero 2015, de la Unidad de Política de Recursos Humanos de la Administración Pública Federal, Dirección General de Organización y Remuneraciones de la Administración Pública Federal, aprueba y registra el refrendo de la Estructura Orgánica de CENSIDA, con vigencia del 1 de enero 2015, con el inventario de 16 plazas de mando por nivel con la presente Estructura Orgánica.
Para el año 2016 la Dirección General de Organización y Remuneraciones de la Administración Pública Federal de la Subsecretaría de la Función Pública, con oficio No. SSFP/408/0741/2016 y SSFP/408/DGOR/1766/2016 de fecha 19 de octubre del mismo año, comunica el refrendo de la Estructura Orgánica del CENSIDA, con vigencia organizacional del 31 de mayo de 2016.